新刑诉法将依法不负刑事责任的精神病人的强制医疗程序增设为四个特别程序之一，首次以法律形式对强制医疗制度作出了较为完整的规定，但强制医疗程序仍有进一步完善的必要。
鉴定人是否必须出庭
新刑诉法及司法解释规定了强制医疗案件开庭审理的原则，但在审理方式、审理程序、参与人等方面的规定并不明确，导致实践中存在不同的认识。
首先，是否公开开庭审理不明确。有的法官认为由于强制医疗涉及被申请人的成长经历、家庭背景、患病情况等隐私，不应公开审理；有的则认为强制医疗案件的审理重点为被申请人人身危险性的大小，为接受社会监督和保障诉讼公正，应当公开审理。
其次，被害人是否参加庭审不明确。新刑诉法并未规定人民法院审理强制医疗案件需要通知被害人或其法定代理人参加，实践中上述人员不到庭不影响强制医疗案件开庭审理，可能导致当事人参与程度不够，被害人一方对此持有异议。
第三，鉴定人是否出庭不明确。强制医疗必须以经过法定鉴定程序确认为精神病的可靠鉴定意见为前提，鉴定意见在强制医疗的决定中起到关键的作用。但现行法律未明确规定鉴定人必须出庭作证，可能导致被申请人无法充分行使对鉴定意见的异议权。
执行监督无明确规范
对于法院作出强制医疗决定后如何具体执行和监督，现行法律的相关规定仍较为原则。新刑诉法第288条规定：“强制医疗机构应定期对被强制医疗的人进行诊断评估”，但对评估的期限、具体的评估程序等均无明确规范，容易造成强制医疗的执行不均衡，有的医疗机构怠于开展诊断评估。
该法第289条规定：“人民检察院对强制医疗的决定和执行实行监督”，但对于监督内容、监督手段、监督方式均只有简要的表述，使得强制医疗中的执行监督未形成稳定的模式，可能造成检察院的监督权无法具体有效实施。
解除申请随意性强
新刑诉法第288条规定，对于已不具有人身危险性，不需要继续强制医疗的，强制医疗机构应当及时提出解除意见，报决定强制医疗的人民法院批准。同时规定，被强制医疗的人及其近亲属有权申请解除强制医疗。可见现行法律对强制医疗规定了两种解除模式，即法院依职权主动解除和依被强制医疗的人及其近亲属申请解除。在依申请解除的情况下，法律未进一步规定申请解除强制医疗的具体条件，如是否应提供被强制医疗人不再具有人身危险性的证据；亦未限定被强制医疗人或其近亲属第一次提出解除强制医疗的时间，实践中出现了上述人员在强制医疗决定作出之后不足2个月即提出解除申请的情况，导致提出解除申请的主观随意性较强。