虽然我国企业的薪酬管理逐步走向成熟。但是，国企收入分配制度改革中仍存在着以下四大不可回避的问题：
（一）政企不分，政府对企业的薪酬管理干预过多
目前，国有企业的分配主体地位还没有根本确立起来。主要表现是：虽然国有企业已经拥有较大的内部分配自主权，但在我国确定建立社会主义市场经济体制总体目标后大多数国有企业的工资总额决定权仍由政府有关部门掌握，政府通过行政手段对企业实行工效挂钩或工资总额包干办法；其他企业大都实行工资总额包干或直接由政府有关部门核定工资总额的办法。有的地方政府，不仅控制企业的工资总额，而且直接干预企业内部工资比例等具体管理决策。这使企业的薪酬管理自主权难以落实，严重影响了内部分配制度改革的质量。
（二）没有建立工作分析岗位鉴定制度
这一方面体现在劳动差别缺乏定量的依据，即对劳动技能、劳动强度、劳动责任、劳动条件等四要素没有进行较规范的评价，致使生产一线、二线、三线工作，以及艰苦、技术要求高的岗位与一般岗位的工资差别不能合理拉开；另一方面体现在对劳动者本身所具备的技术、业务能力水平和实际劳动贡献的考核指标较少，并且多是软指标，比如厂规、厂纪、开会的出勤率等，使得考核工作流于形式，没有与具体报酬相挂钩。在这种情况下，企业制定工资等级和标准、计算奖金发放时，仍然按照老习惯，参照有关文件的精神加以确定，而对实际状况缺乏分析。
（三）企业经营管理者激励与约束机制不健全，人力资本价值没有得到应有的体现
企业经营管理者的报酬收入水平偏低。知识经济时代是人力资本雇佣货币资本的时代，在企业中应充分重视人力资本的价值作用。然而，在我国企业中人力资本的价值尤其是企业经营管理者的价值一直被忽视。尽管九十年代以后，我们对国有企业经营者的薪酬结构也进行了一些改革，并对改善和提高经营者的政治经济地位，调动经营者积极性起到了积极作用，但由于这些改革仅局限于在基本工资加奖金上，局限于短期激励，难以通过现有经营者薪酬制度来促使企业经营者在追求近期目标的同时，立足于企业的长期发展，也就难以有效地克服企业经营者的短期行为。另外，目前我国对企业家的报酬激励方式比较单一，大多仍为基本工资加奖金、年度奖金奖励等构成。而奖金和年度奖励通常是现金的形式。这样，要做到实现企业家的价值，不仅需要建立一套完整的考核体系，更需要公司有足够的现金流量来支持。然而，诸如“股权激励”等在国际上行之有效的经验在我国尚处于探索阶段。
（四）福利设计缺乏弹性，职业福利性质异化
我国企业员工的福利还停留在计划经济体制下的传统福利，如医疗保险、住房补贴、加班费、子女入托补助等等，缺乏一些在西方国家开展的如火如荼诸如顾问服务、教育培训福利计划、家庭关爱福利、家属福利等人性化的福利项目。此外，我国企业提供的福利都是固定的，福利设计并没有真正让员工参与进来，缺乏灵活性。
间相互合作，同时防止上下级之间由于工资差距过大导致出现低层人员心态不平衡的现象，所以有必要建立团队奖励计划。五是实施科学的绩效管理。科学的绩效管理能使企业进入“高工资、高效率、高效益”的良性循环，用一流的人才成就一流的事业，这样公司和员工都会有一个加速度的发展。
