一直以来，政策壁垒是医药电商行业发展的最大障碍，尤其是处方药和医保两座大山。由于网上药店并未与医保、新农合等医疗保障体系对接，在网上药店购药支付时还不能使用医保卡，这样就把很多能享受医保福利的消费者挡在了门外，而其实真正有潜力的客户恰恰就是这些刷医保卡的人。目前医保壁垒的打破看来还看不到什么真正的希望。
此前据上海市社保局内部人士透露，在今年年初，网上药店与医保对接似乎面临着政策松绑，就今年3月，上海市拟开展网上药店医保支付试点工作，上海医药子公司华氏大药房旗下药品零售网与复星医药子公司复美大药房的导药网入选为首批试点企业，但是后来不了了之。目前仅有海南真正开始实行这方面的试点，去年年底，海南省食药监局规定，网上药店买药可享医保报销，规定从网上药店买药由实体店配送，但仅限于海南省永敬堂和广安堂这两家网上药店。
“开放互联网售药以及跟医保全面对接之前，还有更重要的立法工作需要推进。”中国医药商业协会会长付明仲对记者表示，“与网上售药监管体系相关的《药品管理法》正在修订中，《执业医师法》、《执业药师法》未出台，交易安全制度，运输、储存、第三方物流等配套制度也没有到位。”
据了解，国家有关部门必须根据多个地区试点的情况来最终制定有关网上医保支付的相关政策，但就目前的情况来看，相关政策的出台似乎遥遥无期，“零售药店都还尚未实现个人医保账户定点全覆盖，网上药店想要实现这一突破更是不知道得到什么时候。”前述上海社保局内部人士告诉南都记者，“我国的医保实行属地管理，消费者只能选择本地的药店进行医保支付。网上药店医保支付彻底放开需要打通‘医保异地买药结算’，这项改革目前尚无时间表。人社部放开网上药店医保对接的可能性不大，除了异地结算平台难以短期成型之外，医保用途的监管更是难上加难。”