王琦获得“2013年何梁何利基金科学与技术进步奖”。
他把人的体质分为九种，制订了我国首部《中医体质分类与判定》标准,并为中医学开创建立了中医体质学新学科；
他创立的体质辨识法被纳入《国家基本公共卫生服务规范》，实现中医药首次进入国家公共卫生服务体系；
他认为中医思维是中医之魂，揭示出中医原创思维内涵并把握运用，才能在中医医疗健康体系中确立并保持自身主体——
开创“中医体质学”
早在上世纪70年代，在中国中医研究院读研究生的王琦毕业论文就是有关中医体质学说的。后来，他又编著了《中医体质学说》专著，提出中医体质学的“四个基本原理”（生命过程论、形神构成论、环境制约论、禀赋遗传论）和“三个关键科学问题”（体质可分论、体病相关论、体质可调论），并在中医“治未病”中提出“体质辨识”方法，在临床中提出“辨体-辨病-辨证”诊疗模式，构建了中医体质学研究的理论体系和方法学体系。
他领衔的北京中医药大学“中医体质课题组”经过近４０年的研究和临床实验，对全国2万例人群的中医体质分类进行流行病学调查，初步掌握了国人不同体质类型，不同年龄、性别、地区人群的基本特征及其分布规律，并在此基础上，把中国人分为9种基本体质类型，掌握了每种体质易患疾病的种类。
从文献研究、临床流行病学研究到体质分类的现代实验研究、体质的临床及公共卫生服务应用出发，王琦探索出了一条“中医体质学”的创新和发展之路，并建立了体质研究基地，获得包括973及国家自然基金重点项目等多项国家级重大课题资助。
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