近年来，医疗问题成为社会各界普遍关注的问题，其中一个主要矛盾就是现有医疗卫生服务的提供远远不能够满足人民的需要，远远不能适应当前社会经济发展的需要。
为解决这一难题，中共中央、国务院于2009年3月17日提出了《关于深化医药卫生体制改革的意见》，要求：“鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业。积极促进非公立医疗卫生机构发展，形成投资主体多元化、投资方式多样化的办医体制。完善医疗机构分类管理政策和税收优惠政策。依法加强对社会力量办医的监管。”十八届三中全会《决定》更进一步要求：“鼓励社会办医，优先支持举办非营利性医疗机构。”
税收是国家重要的经济调控工具，医疗机构作为市场经济条件下的经济主体，必然也要受到税收的影响。那么现阶段，我们如何通过税收手段助推医疗机构改革呢？
2009年中央医疗体制改制意见出台以后，民营医疗机构如雨后春笋般涌现，社会上出现了公立医院与民营医院并存的局面。公立医院与民营医院作为经济组织，都要共同面对一个问题——税收。
2008年之前，医疗机构大多不需要考虑税收问题。根据财政部和国家税务总局共同出台的《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税[2000]42号），对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。但是，新的《中华人民共和国企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》从2008年1月1日实施后，形势发生了变化，财税[2000]42号文未列入继续有效的税收政策范围。按照这一变化，无论是公立医院还是民营医院，作为取得收入的组织都要缴纳企业所得税，医疗机构在税收方面就产生了三方面问题：
一是非营利性医疗机构未能享受企业所得税优惠。新企业所得税法出台后，对营利性与非营利性医疗机构没有区别对待。医疗机构要享受企业所得税优惠，要向财政部门、税务部门申请认定取得非营利组织资格，再就其经税法认可的免税收入享受免税优惠。《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税[2009]122号）规定，非营利组织的免税收入主要是接受其他单位或个人捐赠的收入、其他政府补助收入、收取的会费等，医疗服务收入未纳入非营利组织免税收入范畴。对于公益性质的非营利性医院来说，就要和营利性医院一样缴纳企业所得税。
二是公立医院尚未适应市场经济的要求，民营医疗机构税负相对较重。公立医院属事业编制单位，由地方卫生行政部门负责行政管理，公立医院院长通常在地方卫生行政部门还有行政兼职。医院尚未完成由计划经济向市场经济的转型，表现在普遍不重视财务工作，财务人员专业知识欠缺，政策水平不高，加之财务管理人员年龄结构相对老化，高级专业管理人员少，以经验管理为主，观念落后。公立医院普遍缺乏统一有效的成本控制模式，常常是各科室各自为政，按科室为单位简单核算，收入、成本核算不及时、不到位、不准确，无法形成有效的成本控制机制，不能准确反映公立医院的整体财务运行状况。对民营医疗机构，在税收管理上与正常企业没有差别，都是取得收入的组织，都要依法缴纳企业所得税。名义上公立医院是企业所得税纳税人，也要缴纳企业所得税，但实际上由于其行政色彩基本不纳税，导致公立医院与民营医院的税负在事实上存在不公平。