•中医药学的蓬勃发展和它与现代医学的汇聚和互补已经成为迅速发展的时代潮流，这一潮流不仅成为医学科学发展的强大推动力量，而且也已成为临床实践中提高医疗保健水平、降低医疗费用和社会成本的有效手段。
•当代科学技术正出现从分析向综合回归的显著趋势。通过多学科交叉，应用信息科学、系统科学、复杂科学等新理论和新方法来认识生命奥秘和疾病现象已成热点，从而为认识中医学的整体观念、辨证论治、因人施治、复方用药等优势和特色提供了机遇和条件。
•随着中医药国际化不断深入，中医药发展过程中对生命和疾病的系统性和复杂性等关键问题认识的突破，将对生物医学、生命科学乃至整个现代科学的发展产生重大影响，将会促进多学科的融合和新学科的产生，使人类对生命和疾病的认识得到进一步提高和完善。
当代的两种医学体系
当代社会存在着两种不同的医学体系，一种是发源于西方、近200年得到快速发展的现代医学体系，另一种是发源于东方、已有数千年历史的传统医学体系。
中医学产生于经验医学时代，强调整体观念，注重系统调节。中医整体论体现在生命的精神层面、整体层面、动态层面，其朴素的系统论源于“天人合一”的哲学理念。中医的思维方式较多地应用模拟推理、经验总结，中药方剂通过多种有效组分对机体多系统、多途径、多靶点的综合调节，达到祛病养生的目的。中医强调整体和多因素的相互联系，重“辨证”，用哲学思维阐释发病机理，着眼于调治“患病的人”，重视整体效果。
现代医学产生于实验医学时代，其突出特点是强调分析和还原，但整体综合显得不足。西医认为，人体由组织器官等组合而成，偏向于采用还原论和“物理-化学”反应的纯生物医学模式，多强调单一活性化合物对机体靶点的作用，因而采用的药物往往偏重高度的选择性，具有明显的对抗性。西医比较倾向于形态、局部医学，注重直接的因果关系，重“看病”、治“人的病”，重视直接效果。
由此可见，两种医学体系具有不同的理论基础、思维方式和医疗模式，显示出各自不同的显著特点。
当代医学面临的挑战
当代社会，医学面临着两方面的严峻挑战。第一方面的挑战，主要表现在人类疾病谱发生的重大变化。随着经济和社会发展转型，当前人类所面临的全球性健康威胁已转变为非传染性的慢性病(NCD)，如心脑血管疾病、神经退行性疾病、代谢障碍性疾病、肿瘤等，这些疾病都是病原体不明确、多因素导致的复杂疾病。以线性思维和还原分析为特点的西方医学因此遇到严峻挑战，在阐明复杂生命系统的整体行为特征和系统活动规律方面遇到严重困难。在寻找治疗多因素导致的严重复杂慢病(如肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病等)和病毒感染性疾病(如艾滋病、肝炎等)的有效药物方面，至今进展迟缓，迫切需要发展新的思路和方法。
第二方面的挑战是医学模式面临的困境。一是以征服心脑血管、癌症等非传染性慢病为目标的第二次卫生革命受阻，促使人们对现代医学模式——生物(治疗)医学模式进行深刻反思。美国对1岁以上人群死亡率居前10位疾病的致病因素大样本流行病学调查结果表明：对于非传染性慢病的发生而言，生活方式和行为的作用远大于生物学因素。显然，这类疾病的有效控制，要求医学模式必须有根本变革，要从生物医学模式转向生理-心理-社会-环境四者相结合的新医学模式。二是医疗费用恶性膨胀引发的全球医疗危机，迫使人们对医学的目的(GOM )、医学的核心价值进行深刻反思。1992年，WHO组织了GOM国际研究小组，四年后该小组总报告明确指出：目前医学的发展是在全世界制造供不起的、不公正的医学，许多国家已经走到了可供性的边缘。