目前国内各地政府正在陆续开展政府绩效评估工作，根据我的深入研究、咨询经验及实地调查，目前我国政府绩效评估存在着以下八大问题。
（一）政府绩效评估认识不统一
国内各地区政府对绩效评估工作的认识差距较大，没有统一的认识，很多地区还仅仅是把政府绩效考核当作评价与识别干部或奖罚政府工作人员的手段与工具。对于政府绩效评估的主要作用是提高政府绩效、提高政府执政能力、提高政府公信力、建立和谐社会，还未成为一种普遍共识。
（二）政府绩效评估发展不均衡
目前，我国政府绩效评估尚未全面推开，有的城市走得较远，有的城市还没有开始。我国大多数地区还是采用传统的方式进行绩效评估，未能很好地与计划、目标、责任相结合。个人总结代表部门评价，以工作任务代替评价指标，以会议总结代表绩效评估，或以单项评比检查代替综合评估，以一般性检查代表常规绩效评价。建立系统地全面的考评指标的城市已经出现，象青岛、深圳等，但还不是很多。
（三）缺乏统一政策指导与法规保障
我国政府的绩效评估，包括干部的考核一直缺乏统一的政府指导与法规保障，一直处于自发和探索的状态。许多地区的政府绩效考核工作的启动与推行，主要取决于地方领导人的认识与施政方式与风格。没有明确那一家中央政府部门具有指导全国政府绩效管理和评估工作的职能。由于政策指导、工作指导、法规保障不到位，使这项工作动力不足、保障不够，持续性不强、经验交流和推广有限，影响了这项工作开展的力度、深度与广度。
（四）政府绩效评估机制不健全
不少地区即使开展了政府绩效考核工作，但其机制不健全，各级配套的组织不健全，缺乏专业业务人员，检查机制虚弱，过程控制不力，形式主义明显，制度不全，使考核结果的应用难以落实，与其他的人事信息或奖励机制不配套。因此，使这项工作的难度加大。由于缺少绩效评估结果的应用或应用不足大大影响了政府绩效评估的效果和作用。
（五）绩效评估方式开放性不高
我国不少地区的绩效评估主体是上级机关，或某上级评估小组，社会参与度不高，服务对象、社会公众较少参与评估，第三方评价机构参与较少。部分地区评估的方式一般是“检查式”、“运动式”、“评比式”或“总结汇报式”。政府绩效评估的封闭性、主观性较强，开放性、公开化、客观性还不够，并缺乏社会的监督与制约。
（六）政府绩效评估标准不健全
定性指标多，定量指标少。一些地方在制定政府绩效考核标准时，一味追求经济增长，以GDP的高低论政绩，未能很好处理经济建设与社会发展和环境保护的关系。有的地方大搞“形象工程”“政绩工程”。有的地方评估标准事无巨细、面面俱到；有的地区考核的不是指标，均是一些具体的工作；有的地区的标准只能内部评价，缺乏外部评议的指标。
（七）缺乏专业人才
由于我国政府绩效管理起步晚，实践经验不足，极其缺乏相应的专业人才，再加上缺乏政策指导，每个地方都是摸着石头过河，作探索性工作。国内高校研究也不足，人才培养还不够，因此，在各地方建设政府绩效管理机制时，均碰到了专业人才不足的问题。
（八）理论基础薄弱
目前高校、研究机构对于政府绩效评估的理论研究也处于探索阶段，象兰州大学、复旦大学成立了专门的政府绩效评估研究中心并与政府有较深入合作的高校还不是很多。我国真正引入绩效管理的思想方法仅十余年，大面积推广绩效管理的时间也很短，而引入与推行政府绩效管理的思想及方法时间更短。政府绩效管理理论的研究尚局限于国外绩效评估理论的介绍与评鉴，中国自己的政府绩效管理理论体系尚未形成，许多思想、方法、工具、概念、指标、实施步骤还未达成共识。与企业绩效管理理论体系的研究相比还差距很大，这也需要大家共同努力去研究政府绩效评估。