日本严格限制处方药特别是治疗癌症的药品在媒体上做广告，因此，日本医药行业也存在变相贿赂医生等潜规则。许多医药生产厂商纷纷通过资助科研活动以及聘请医学界各领域的权威人士讲演、授课、举办相关讲座等方式来宣传自家产品，提高其知名度，以达到增加销量的目的。
在日本，医药厂商虽然不像有些国家那样直接给医院甚至开处方的医生回扣，但他们与医疗机构之间同样存在着千丝万缕的实际上的金钱与处方的交换关系。日本医药行业的潜规则主要是通过向临床试验机构、临床医疗单位和各医学专业学会提供学术研究费用，举办各专业学科的最新医疗动态以及新药研发动向和研究成果说明会，并向讲师支付高额讲课费等形式，增强医药企业对医学研究和医疗机构的影响力。
日本制药厂家在一种新药获得生产许可之后，通常都要与各地的医生会合作，投巨资举行各种形式的学习会、说明会，邀请在当地或该领域有一定影响力或知名度的大学教授和医生担任讲师。会议通常在豪华饭店举行，会后备有丰盛的自助餐，有的厂家还给参加会议的医生发放“车马费”。京都一位自开诊所的医生说，学习会、说明会是制药厂商向掌握处方权的医生施加影响的最重要场所。由于担任讲师的知名医生接受厂家的讲课费，很难确保其公正性。他说，他曾经参加过不同厂商举办但由同一讲师主讲的说明会，发现该讲师在Ａ厂的说明会上热捧Ａ厂的药品，在Ｂ厂的说明会上又推荐Ｂ厂的药品，让人摸不着头脑。
由于临床试验和临床医疗单位以及在各医学专科领域有影响力的医生与医药生产企业存在着金钱关系，很难百分之百保证试验结果的客观性以及对不同厂家药品疗效的公正性，甚至出现了篡改试验数据、夸大新药效果、误导患者的违法事件。
日本媒体最近揭露出来的一起重大医药试验丑闻震惊全日本。京都府立医科大学、东京慈恵会医科大学、滋贺医科大学、千叶大学接受委托，为一家制药公司的一种降压药进行临床疗效比较试验。由于这些大学有关部门接受了该制药公司总额约为１１亿日元（１日元约合０．０５１８元人民币）的研究经费捐助，部分大学在提交试验报告时“放水”，篡改了接受试验患者的病历，夸大新药疗效，在试验报告中表示这种降压药同时还具有预防脑卒中和心绞痛的效果。而实际试验结果并不能证明这种降压药具有预防脑卒中和心绞痛的辅助疗效。
据日本《每日新闻》汇总的调查数据，日本制药工业协会７０家会员企业２０１２年向医疗机构以及医生提供的资金总额高达４８２７亿日元，相当于日本政府当年在医疗领域研究经费开支的２．５倍。
日本《读卖新闻》最近发表的深度调查报道表明，２０１３年日本十大制药公司用于支付名医名教授的讲课费用高达１１０亿日元，部分知名教授或学科的知名医生当年每人收取的讲课费超过１０００万日元（当时约合１０万美元）。
日本舆论认为，医药企业的部分捐款和向医生支付的讲课费具有变相贿赂性质，应给予严格的规范和限制。为此，日本厚生劳动省等有关方面从去年开始加强了对医药企业的监管力度，严厉打击医疗机构和医务人员收取医药厂商好处费的行为，规定制药企业必须及时、如实地公布向所有医学研究和医疗机构提供捐款或研究费用的情况；向医生提供１０美元以上的现金、有价证券或物品，都必须报告并公布；任何机构和个人都有权查阅医疗机构和医生接受医药企业捐款、研究费用等经济资助情况。