在互联网医疗面临困境，特别是在资本的裹足不前和政策对于灰色业务的打压之下，互联网医院正成为找不到出路的互联网医疗公司的下一个故事。暂且不论这个市场能否做大，是否能支撑当前这些公司的高估值，单就互联网医院目前本身的模式来看，其面临的政策风险正越来越大，如果不能及时转向，自身的风险性因素将制约其未来的哪怕小规模发展。
互联网医院的面临的政策性风险主要来自两个方面：分级诊疗和药品利益链。
首先，从分级诊疗来看，这是政策近年力推的举措，意图降低三甲大型医院的虹吸效应，从而减轻看病难和看病贵的现实问题。但分级诊疗本身也受到较多的质疑，主要的原因是中国的基层医疗机构过于薄弱，难以获得病人的信任，也无法真正起到分流的作用。因此，政府近几年来一直在推行很多强基层的举措，包括基层与三甲的药品目录一致、第三方检验中心的推动、紧密型医联体的建立和基层医生的培训、医生的多点执业政策落地、基层家庭医生规范的明确等等。
对于互联网医疗来说，借着分级诊疗的政策风向，大力发展远程问诊以解决基层当前面临的优质医生匮乏的困境是一个相当不错的选择。一方面，基层医生可以和三甲医院的医生共同为病人提供服务，真正提供协同性的医疗服务；另一方面，病人也无需多次奔波，特别是对那些住在乡镇的病人来说是个相对理想的问诊方式。但是，描绘的图景虽好，但在实际的模式推行中，部分互联网医院不仅不利于分级诊疗，反而是与分级诊疗的意图背道而驰，加剧三甲医院的虹吸效应。
中国的互联网医院是由广东二院的网络医院率先推动，作为一家二流三甲，广东二院发展互联网医院的动力更多的是来自扩张自身的业务。通过大规模的与药店和基层医疗机构对接，广东网络医院获得了一定的发展，主要还是解决一些小病，这样很多病人就无需前往三甲就诊了。如果遇到一些不能明确的疾病，还是希望病人前往医院，从而带动医院总体业务量的扩张。因此，互联网医院从诞生开始就有着双重的属性，既推动了病人留在基层，又虹吸病人。
互联网医院的双向作用在各个省份的落地是各有轻重的，比如某些网络医院构建的网上医联体是较为偏向分级诊疗的，也强调了基层在互联网医院上的角色，而某些互联网医院则更多的偏向于虹吸病人，因为其主要强调了专家资源，主要的作用是方便专家筛选病人，在其中并没有基层的位置。所以，偏向虹吸病人的互联网医院将是未来政策风险较大的模式，也将面临更大的挑战。
其次，药品利益链的问题。现在很多医药电商和药企将互联网医院视为新的处方通道，目前互联网医院的药品获取主要来自合作的药店和医药电商。在表面上来看，处方已经流出医院，难以追寻，也就切断了从医疗到产品的利益链条。但事实上，目前几乎所有的互联网医院都是只与指定的药店或医药电商进行合作，这就将利益链条从院内搭建到了院外。
以药养医的问题是行业痼疾，也是政府在过去几年所力图解决的问题，但作为新生的互联网医院却依旧延续了之前的问题而没有试图去解决问题，这在未来也有可能受到相关部门的监管，从而面临较大的挑战。当然，互联网医院这么做也确是不得已，在医生诊费仍过低的情况下，互联网医院要盈利就必须借助药品，这就推动了各方在药品收益上的分成，但也就面临着监管上的风险。
总体来看，互联网医院的政策风险非常明确，虽然目前并未受到冲击，但并不代表未来不会。而且，政策风险的时间节点无法估算，很多时候都是偶发性事件引起的，这对于互联网医院来说始终是悬在头顶的达摩克利斯之剑。