成本的阻碍与缺乏竞争的市场
王月丹说：“在多联疫苗技术上，我们还面临很多难题。但是就单一疫苗而言，把我们一类疫苗里的所有种类的减毒疫苗都改成灭活疫苗，在技术上是完全没有问题的。”但最大的阻碍来自于成本，“一类疫苗里，政府采购价有的只有1.8元，改成灭活疫苗意味着几十倍的成本增长。”
对此，陈涛安有不同意见：“政府采购定价低只是一个方面，提高了价格质量也未必上得来，一类疫苗实际上是垄断经营，没有竞争。要换成灭活疫苗就需要更新生产线，淘汰落后产能，但是现在生产出来的疫苗供不应求，厂家怎么会有改变的动力？二类疫苗市场也只是部分放开。虽然国外公司占了近50%的市场份额，但是加了很高的关税以及各种管理和物流的成本，价格高得吓人，实际消费的人群很小，很难对一类疫苗市场形成冲击。”
而在良莠不齐的二类疫苗市场，质量就更加难以保证。中国生物技术集团公司占据了整个疫苗市场60%以上的份额，并基本把控了一类疫苗市场。其余的三十多家疫苗厂家只能去抢剩下的不足40%的份额。而2005年6月1日起施行的国务院《疫苗流通和预防接种管理条例》规定：县级疾病预防控制机构可以向接种单位供应二类疫苗。因此，县级疾控中心就成了厂家各显神通的激烈战场。这一本来是为了减少流通环节、降低成本和消费者负担的措施，在缺乏监管的县市级疾控机构那里，却演变成腐败的黑洞，“都需要公关的。到最后一般都是谁也不得罪，多少都采购一点，皆大欢喜”，一位不愿意透露姓名的厂方代表说。这几年接连曝出的2004年江苏宿迁假疫苗案，2009年大连金港安迪的疫苗违法添加事件，2010年江苏延申疫苗造假事件，以及2012年山东破获的涉及全国的非法疫苗案都反映出二类疫苗市场的混乱，但问题从来没有得到真正的解决。
冷链运输保存环节的隐患
陈涛安指出：“疫苗出问题最主要就是两个环节：生产环节的疫苗质量和流通环节的冷链保存”，如果说疫苗质量是短时期内很难改变的，那冷链系统的隐患则纯属“人祸”。虽然“山西高温疫苗事件”曝光以后，整个疾控系统做出了一些改变，但陈涛安还是无法乐观起来：“当时卫生部官员都出来表态说短暂的高温暴露不会影响到疫苗的安全性和品质，这不是拿生命当儿戏么？”
在国际上，对疫苗的运输和保持都有一套严格到苛刻的标准。我国疫苗在流通环节中最少要经过八个节点（详见05版边栏注释），现状是：“设备基本具备，但监管有问题，基本要靠从业人员的责任心。冷链的八个环节里前面做的还好，关键是根节点容易出问题，尤其是到了偏远的县乡一级，根本得不到保障。”而记者的采访案例中确实也有多个反映乡村诊所及乡村医生缺乏必要的冷藏冷冻设备，“就摊在桌子上，来一个孩子打一个”。
警钟长鸣，悲剧却不断发生，作为个体的孩子和家庭成为所有风险的最终承担者。“这是种没法选择也没法逃避的风险。你可以选择进口奶粉，但是，疫苗你必须要打，否则你的孩子连学都上不了”，多年来一直在呼吁国人关注疫苗安全和对疫苗伤害立法的受害家长余同安说。
鉴定之困
写不写“偶合”，很多时候是良心判定
“2007年在卫生部门前，有5个河南来的接访官员整天在卫生部门前溜达，后来就和我们攀谈起来，熟了以后就开始诉苦。我对他们说：你们根本不知道什么是真正的苦，我一个大男人数一二三眼泪就下来了……后来更熟悉互相的故事以后我对他们说，看到真正的苦了吗？他们说知道了，我说不，你们根本看不到我的心里在流血！”这是福建的糖丸受害者家长吴霖写在糖丸受害者Q Q群里的一段话。他的孩子1995年5月发病，走了漫长的鉴定维权之路，一直到2008年八部委文件出台，吴霖才在两年之后拿到98万的赔偿，历时15年。
而这几乎是所有疫苗不良反应疑似病例里的普遍现象，每一个家庭在承受着孩子伤残之苦的同时，还面临着给孩子做鉴定的各种困境，“偶合”、“排除”、“不能排除”、“无法确定与疫苗无关”等等似是而非的鉴定结论都使维权之路充满艰辛。
“偶合”是在这一类鉴定报告中出现最多的字眼。中国疾控中心免疫规划中心主任医师刘大卫曾专门对此进行解释：“偶合症是指有一些基础性疾病，接种的时候正好赶上了，或者是患有某种感染性疾病，正好要发病，处于潜伏期，打疫苗的时候正好赶上了。所以偶合症和疫苗没有关系。”一旦被鉴定成偶合，就只能自认倒霉，自己承担责任。而“不排除”，已算是有力证词了。王月丹说：“写不写偶合，很多时候是良心判定。从科学角度而言，没有绝对的事，如果专家内心不想认定，就有一万条理由说它与疫苗无关，所谓不排除，其实就是肯定了。”
而即使被鉴定为疫苗异常反应，受害者的维权之路也难称坦途，卫生部官方网站曾宣称：异常反应是疫苗本身固有特性引起的，是不可避免的；它既不是疫苗质量问题造成，也不是实施差错造成，各方均无过错。因此，对受种者予以一定经济补偿，不是赔偿。
既是“运动员”又是“裁判员”的鉴定机构
比鉴定结论争议更大的是鉴定机制的设计。2008年12月1日起，《预防接种异常反应鉴定办法》开始实施，办法明确规定：如遇疑似异常反应，应由疾病预防控制机构组织专家进行调查诊断；有争议时，可向市级医学会申请进行预防接种异常反应鉴定；再有争议，可向省级医学会申请鉴定。
“两级医学会的组成专家所供职的各大医院，不正是卫生局和卫生厅的下属单位吗？”疫苗受害家长余同安在《鉴定办法》出台的当年就提出质疑，他在第一次拿到“偶合”的鉴定结论后，放弃了去找医学会做鉴定，“我不相信他们能给我公正的结论”。
2010年3月，卫生部又专门下文强调：任何医疗机构和个人不能对预防接种异常反应做出调查诊断结论。山东济宁的张武昌2010年带着吃糖丸导致残疾的孩子进京看病，问专家结论，专家愣了五分钟没说话，最后一把掀了桌子，“我不能写啊！”
