研究人员首先分析了荷兰奈梅亨大学医学中心遗传检测项目中的外显子组测序结果，包括820名轻度到重度智力障碍儿童及其父母的数据，随后又分析了已发表研究中约1300个家庭（双亲和孩子）的测序数据。
从这2104个家庭中出现的2637个新生突变中，研究人员发现了10个基因出现新生功能缺失突变过表达，其中包括染色质修饰、脆性X染色体、突触可塑性以及胚胎发育通路相关的基因。这项研究结果近期发表在《Nature Neuroscience》上。
文章共同通讯作者、奈梅亨大学医学中心人类遗传学研究员Christian Gilissen等人写道，“我们的研究表明了新生突变对一系列神经发育表型的影响。大量罕见的显性发育障碍基因还有待进一步被鉴定。”
10个新的智力障碍易感基因的发现过程
研究小组选取患有智力障碍的461个男孩和359个女孩以及他们的父母，利用安捷伦SureSelect富集系统分离基因组的蛋白编码序列，利用Illumina HiSeq测序仪进行测序，外显子组测序平均深度为75X。
研究人员发现了1083个疑似新生突变，这些突变影响了915个基因。他们又分析了基因特异性突变率，发现了18个已知智力障碍基因在患者组中受到新生突变不成比例的影响。
为了找到新的候选基因，研究小组去除掉携带有已知智力障碍基因的个体，再次进行分析，将候选基因缩小到4个基因，分别为DLG4、PPM1D、SOX5和TCF20，在智力障碍儿童中这四个基因频繁地出现新生突变。
研究人员进一步结合已发表研究中测序家庭的数据，共对2104个家庭的测序数据进行分析，结果发现了另外6个候选基因。
在1471个没有已知智力障碍基因突变的个体中，研究人员对受1400个新生突变影响的1235个基因进行meta分析，结果在较小样本集合中发现了4个基因（DLG4、PPM1D、SOX5、TCF20），以及另外6个基因：RAC1、SMAD6、SON、TLK2、TRIP12和SYNCRIP，在智力障碍患者中这些基因会出现更多的功能缺失性新生突变。
研究小组指出，在一些基因中出现的新生突变可能会产生重叠的临床特征，例如在两个接受检测的小孩中发现了TLK2基因的突变，这两个孩子具有相似的面部先天性畸形。
这项新分析中鉴定出的许多受新生突变影响的基因和通路，与智力障碍、自闭症谱系障碍（ASD）或其他神经发育疾病患者中已经发现的基因重叠。
但文章作者表示，他们鉴定出的新基因中只有两个基因与另一篇发布在bioRxiv上的发育障碍研究检测到的受新生突变影响的基因重叠，不认同神经发育疾病中大部分受新生突变影响的基因已经被鉴定出来了的这种观点。