无论采用何种医疗制度，医疗服务的供给不可避免地产生医疗成本，需要有人来承担。医疗市场的不同主体如何承担这一医疗成本，构成最基本的成本分摊问题。
医疗保障制度依赖成本分摊机制
给定免费医疗这一前提，分摊医疗成本的基本模式，可以是患者向医院支付医疗费用，然后向第三方（如保险机构或政府）全额报销，或由第三方直接补偿医院的运营成本。在这样的成本分摊设计下，医疗保险机构或者政府将承担全部的社会医疗成本，患者无需承担任何直接的医疗费用。保险机构或者政府须为免费医疗体制筹资。如果第三方完全由商业医疗保险机构来担当，筹资的主要来源为居民投保所缴纳的保费；如果制度设计围绕社会医疗保险机构或政府展开，则筹资的主要来源可以是保费和财政收入的组合。无论何种医疗付费机制，医疗成本都将以保费或者税收的形式，分摊给每一个与免费医疗相关的个体，真正免费的医疗市场并不存在。
目前，大部分国家的医疗保障制度，都依赖上述成本分摊机制筹资。英国的国家卫生服务体制（NHS）是著名的全民福利型医疗模式。支持该医疗体系的资金，超过90%以上来自政府财政拨款和国民保险税，具有强烈的国家保障色彩。医疗体系的运行主要依赖于政府财政拨付的经费，国民在享受医保福利的同时，还承担较高的税收负担。另一类具有代表性的医疗保障制度是社会保险模式。医疗成本和由疾病所引起的金融风险，由企业、雇员和政府三方共同承担。欧洲福利国家的典型代表德国是首先实施这一制度的国家。法定医疗保险由雇主和雇员各缴费50%，缴费率占工资收入的14%—15%，私人卫生支出大概占到卫生总费用的23%。
上述各种医疗保障模式，普遍存在严重的医疗资源短缺问题。免费医疗导致公共医疗需求持续地超过供给，医疗资源的分配只能通过配给来实现，漫长的等待几乎无一例外地成为公共医疗效率的最大掣肘。为了得到更为及时和更高质量的医疗服务，商业性的医疗保险和私立医院的服务，很自然地成为社会医疗保障制度外的必要补充。为及时得到治疗，英国约有13%的公民购买个人医疗保险。德国90%的人口参加了法定医疗保险，而参加私人医疗保险的为9%。美国作为发达国家的一个特例，其医疗保障体系以商业医疗保险为主，约60%的美国人通过商业医疗保险来规避疾病可能带来的金融风险。
成本分摊模式关系医疗公平
医疗费用的成本分摊模式，直接影响着医疗市场运行的公平性。确定社会医疗成本在每一个社会个体上分摊的比重时，转移支付和交叉补贴就已经发生了。低廉甚至免费的公共医疗收费，显著地降低了低收入群体获取医疗资源的门槛，但其效果受保障模式和配给机制的影响。商业医疗保险注重盈利，其保费的设计往往与投保人的健康状况紧密相关，而且存在集中选择健康程度较好的人群，为其提供保险服务的倾向，因此并不适合作为医疗保障体系的主要模式。相比而言，社会医疗保险和税收制度的设计，可以考虑社会不同群体收入水平，将医疗成本分摊更多地向高收入群体倾斜。由于贫困程度与卫生条件以及健康水平往往呈现出负相关关系，这样的制度安排既能提高医疗的公平性，又具有一定的收入再分配效果。不过，社会医疗保障体系在降低医疗资源使用门槛的同时，也引起资源配给和相应的公平性问题。如果公共医疗资源的使用受到诸如特权等因素主导时，那么这种医疗保障体系不过是把收入差异引起的医疗不平等，转变成权力差异下的不平等。